みなとみらい駅は、隣接する他路線がないので、移動の際にどっちの改札から出れば近い？というようなよくある乗り換えの混乱はないです。
ただ、みなとみらいエリアは建物の敷地（ワンブロック）が大きいので、チョイスする出口によっては結構な距離を歩くことになってしまいます。
例えば、「みなとみらい東急スクエア」に行きたいなら5出口から出るとスムーズなのですが、間違えて、1出口から出てしまうと地味に5分以上歩くことになってしまいますので注意が必要です。
※みなとみらい駅に隣接しているけやき通り、いちょう通りをバスは運行していますが、みなとみらい駅隣接の場所にバスターミナル的な場所はないですし、専用のタクシー乗り場もないです。